במלחמת השחרור הייתה גן-יבנה מוצב קדמי מול הכוח המצרי, אשר התקדם מכיוון עזה לעבר תל-אביב.
בליל הגשרים פוצץ, בין היתר, הגשר שמעל נחל סוכרייר/לכיש. הנחל הפך לקו עצירת הכוחות הפולשים, ומכאן שמו לימים "גשר עד הלום".
הילדים והאמהות פונו בשעת לילה מאוחרת, בעוד האבות ושאר הנשים ביחד עם כוחות עזר שנשלחו ממרכז ההגנה, נשארו להגן על המוצב, על הבית. המשקים נהרסו, השדות הפכו בור, ומחנות הצבא הבריטי התרוקנו. גן-יבנה וביצרון הפכו למשלט בו נשארו לוחמים בלבד.

בזמן ההפוגות הסתננו חזרה לגן יבנה משפחות ספורות, שהצליחו לעשות כן, אך בתום ההפוגה פונו שוב לעורף – לראשון לציון.
בשוך הקרבות חזרו המשפחות למה שנותר מגן-יבנה – בתים שהצריכו שיפוץ, עמדות ותעלות קשר בחצרות הבתים, מקלטים מכוסי אדמה ועוד.
תושבי גן-יבנה וביצרון החלו לבנות הכול מחדש.

מדינה קמה

עם הכרזת המדינה בה' באייר תש"ח, לאחר צאת האנגלי האחרון מנמל חיפה, נפתחו שערי הארץ לרווחה וכל יהודי באשר הוא, הורשה לחזור למולדתו – מדינת ישראל.

העולים של אתמול החלו קולטים את העולים של היום, אשר יקלטו את העולים של מחר וכן הלאה.
לחץ העולים גבר. רבים גוייסו מיד לצבא להמשך המלחמה שטרם הסתיימה. האחרים מילאו כל מבנה פנוי. מצוקת הדיור ההולכת וגוברת הולידה את פיתרון האוהלים. בכל הארץ צצו מחנות אוהלים שהתמלאו בעולים חדשים ללא הבדל ארץ מוצא, ללא שפה משותפת, ללא הבנת השכנים במה שנודע בהמשך כ"מעברות".
תהליכים מעניינים התרחשו במעברות. מי שהגיע עם מעט כסף יכל להרשות לעצמו לרכוש קורת גג. מי שהייתה לו משפחה מבוססת יותר יכול היה להתארגן בעזרתה ולהתנתק מן המעברה.

במקביל התארגנו אגודות שיתופיות של עזרה הדדית, בעיקר על רקע עיר/ארץ מוצא משותפים. כל שאר האנשים נשארו במעברה ועברו שלבים רבים – מאוהל לבדון, מבדון לפחון מפחון לדירת חדר בשיכון.

עם קום המדינה מנה הישוב בגן-יבנה כ-400 נפש.
בשנת 1950 זכתה גן-יבנה למעמד של מועצה מקומית בישראל.
בשנות החמישים נקלטו בגן-יבנה עולים מתימן במבצע "מרבד הקסמים" ובשנות ה-60 עולים מצפון אפריקה ומכורדיסטאן.
לקראת סוף שנות ה-50 ותחילת שנות ה-60 התמלאה הארץ שיכונים, המעברות התחסלו ותושביהם קלטו את הבאים אחריהם. כך בכל רחבי ישראל וכך כמובן גם בגן-יבנה.

מיום שהוכרזה גן יבנה כמועצה מקומית ועד לבחירות בשנות ה-60, עמד יוסף יבנאי-פוזין, שהיה מוותיקי הישוב וממקימיו, בראש המועצה המקומית. בבחירות המוניציפאליות, הוחלף הוחלף יבנאי בשמואל אוחיון, איש העלייה החדשה.
גן-יבנה התמקדה בשיפור תנאי המחייה של העולים שזה מכבר הגיעו. בית הספר המקומי לימד עד כיתה ח' ובני המושבה יצאו ללמוד מחוצה לה.
רבים מבני המושבה הצעירים לא מצאו מקומם בעיסוק החקלאי, והחלו מחפשים מזלם בישובים אחרים. לתושבים החדשים מאידך, ההתחברות הייתה קשה.
ב-1973 נבחר לשנה אחת ישראל שטיין. הלה אישר בניית שלושה בתי קומות שאיפשרו לבני המושבה לחזור הביתה. זו תחילתה של התפתחות מחודשת של הישוב.
את אוחיון החליף משה אלקסלסי ב-1979. אחת מהחלטותיו הראשונות, שלימים תקבע את אופייה של גן-יבנה וצביונה הכפרי הייתה: "גן יבנה תיבנה לאורך ולרוחב, אך לא לגובה".

בשנים אלו הארץ נכנסה לבולמוס בנייה, גן יבנה ה"רחוקה" החלה מתקרבת למרכז הארץ בזכות מיקומה הנוח על עורקי תחבורה ראשיים, ולמשוך אליה אלפי תושבים מכל רחבי הארץ, ביניהם עולים חדשים.
בשנת 2003 נבחר דרור אהרון לראשות מועצת גן-יבנה. מאז ידעה גן-יבנה תנופת פיתוח, תוך קידום משמעותי של מערכת החינוך ושירותי התרבות והפנאי לילדים ובני נוער.