במסגרת הישוב המאורגן גויסו גברי המושבה לנוטרות.
הנוטרות נוסדה ב-1926 על ידי משטרת המנדט הבריטי, להוות כוח עזר לפעילויות המשטרה ולשמירה על ישובים מרוחקים.
עד פרעות 1936 המסגרות היו מצומצמות, אך עם תחילתן הגבירה המשטרה את כוחות הנוטרים בכל הישובים.
הישוב המאורגן שלח את אנשיו, אנשי ההגנה, לנוטרות (כתוספת פרנסה, אימוני נשק, אחזקת נשק חוקי במקומות נדרשים ועוד). קבוצת נוטרים רוכבים שמרה על קשר עם ישובי הסביבה, והעובדים המרוחקים בפרדס. כמו כן איבטחה את הכניסה והיציאה מהישוב.
מאורעות 1936 ו-1939 לא פסחו על גן-יבנה, אך מצאו אותה מאורגנת בהגנה מרחבית לה ולביצרון.
המרחב חולק לשישה איזורים, בכל איזור מגדל שמירה-תצפית מאויש על ידי אמהות או בנים – ילדים גדולים יותר, אחרי שלמדו להפעיל את אמצעי העזר: זמזמים, טלפונים, דגלים, מורס ופעמון.

אברהם כהן ז"ל וסגנו מאיר אוירבך ז"למערך ההגנה בכל ישוב נקבע על פי הצורך ומאפייניו הטופוגרפיים של אותו ישוב.
את מערך ההגנה הכינו איש הביטחון הישובי אברהם כהן ז"ל וסגנו מאיר אוירבך ז"ל, שנהרגו שניהם מכדור של מתנקש ערבי שירה לעבר האוטובוס בו שבו ממרכז ההגנה בתל-אביב בחודש אוקטובר 1938, כשבידיהם מערכת קשר שביקשו להוביל לגן-יבנה.

השמירה התנהלה על ידי נוטר, שאת מחצית שכרו קיבל ממשטרת המנדט ומחצית שכרו מהישוב, ושומר למחצית הלילה אחד מדיירי השכונה בה שומרים מחצית ראשונה עד חצות הליל ומחצית שנייה עד הנץ השחר. הנוטר צויד בנשק חוקי של מערך הנוטרות ואילו השומר נשא נשק מהסליק הקרוב, בדרך כלל אקדח שניתן היה להסתרה.

עם התארגנות הבריטים למלחמת העולם השנייה, שלחה גן-יבנה מאנשיה להתגייס לצבא הבריטי. חלקם ישבו בשבי עד גמר המלחמה.
לאחר מלחמת העולם חזר המאמץ המרכזי לבניית המושבה, ולהתארגנות לקראת הבאות.